Manuel 1er donne le commandement de la deuxième expédition portugaise vers l'Inde à Pedro Alvares Cabral en 1500. Cette expédition est composée de treize navires. Elle a pour but de poursuivre ce qui a été fait lors de la première expédition. C'est pourquoi nous retrouvons Bartolomeu Dias parmi les navigateurs.

Pedro Alvares Cabral passe par les Canaries puis les îles du Cap-Vert. Mettant cap à l'ouest, il découvre le Brésil. Il le nomme "île de la Vraie Croix". Il renvoie un navire au Portugal pour informer de sa découverte. Le 29 mai 1500, il double le cap de Bonne-Espérance. Mais il doit essuyer un naufrage où il perd plusieurs navire dont celui de Bartolomeu Dias qui y périt. Il atteint les côtes du Mozambique, puis l'Inde.

Là il se heurte aux hostilités des marchands musulmans. Et la morts de portugais est vengée par l'exécution de membres d'équipages des navires arabes dont Cabral a pris possession. Il arrive à Cochin le jour de Noël. Il repart pour le Portugal qu'il foule en juillet 1501.

L'accueil y est mauvais, le navigateur ayant perdu beaucoup de navires. De plus il ne revient pas avec toutes les marchandises espérées. C'est pourquoi la prochaine expédition est confiée à Vasco de Gama.

Pedro Alvares Cabral se retire dans ses terres de Beira Baxa où il meurt en 1520.